Шунгитовые породы Онежской палеопротерозойской структуры представляют собой вулканногенно-осадочные докембрийские углеродсодержащие образования, различающиеся по генезису, минеральному составу, структуре и содержанию углеродистого вещества (шунгита). По своим запасам и ресурсам они не имеют аналогов в мире. Шунгитовые породы характеризуются наличием целого ряда промышленно полезных свойств, что позволяет рассматривать их как ценное многофункциональное минеральное сырье. В работе представлены результаты изучения неоднородности структурного состояния шунгитов различного генезиса методами рамановской спектроскопии и электронной микродифракции. Установлено, что для шунгитов месторождений Зажогино и Максово, отобранных из прожилков в шунгитовых породах, и имеющих большую упорядоченность, разброс значений существенно выше, чем для шунгита, в виде отдельных включений в породе, что, по-видимому, определяется миграционными процессами. Для шунгита месторождения Максово в виде включений в породе разброс значений существенно меньше, что свидетельствует о его меньшей неоднородности, вероятно, определяемой отсутствием миграционных процессов. Значение области когерентного рассеяния для шунгита выхода Чеболакша имеет наибольшую величину, что свидетельствует о его максимальной упорядоченности. При этом разброс значений для разных областей образца несущественный, что определяется меньшей неоднородностью шунгита и может быть связано с доминированием факторов метаморфизма над миграционными процессами. Установлено, что шунгит в пределах одной залежи характеризуется наличием структурной неоднородности, которая отличается для разных месторождений и связана с их генезисом.